1990-1993:参加完成国家自然科学基金重点、中国科学院特别支持项目“中国土壤系统分类”

1993-1996:参加完成国家“八五”攀登计划“青藏高原形成演化、环境变迁与生态系统”

1997-1999:参加完成中国科学院“九五”攀登计划“青藏高原环境变化与区域可持续发展”

1999-2003:参加完成国家重点基础研究发展规划项目“青藏高原的环境资源效应”

2000-2003:参加完成中国科学院知识创新方向性项目“我国关键地区的生态安全机制”，并主持一课题

1993-2009:参加中国生态研究网络长期示范实验研究中“高寒草甸生态系统长期监测与示范”，负责大气部分

2002-2006:参加中国科学院知识创新重大项目“中国陆地及近海生态系统碳收支”，第二专题“青藏高原高寒草甸生态系统碳通量观测研究”，同期参加国家重点基础研究发展规划项目“中国陆地生态系统碳循环及其驱动机制研究”，主持“青藏高原高寒草甸生态系统碳通量/储量观测研究 ”

2006-2008:参加“2006年度青海三江源自然保护区生态保护和建设总体规划科研课题及应用推广”项目，主持子专题“三江源关键种群人工建植型修复技术的示范”

2006-2008:主持科技部生态监测项目“台站观测研究及数据信息系统”项目

2007-2009:面上基金项目“高寒草甸放牧系统植物补偿性生长与群落物种多样性变化研究：放牧优化假说与中度扰动假说的验证”，为主持人之一

2007-2009:主持青藏铁路公司科技开发课题“青藏铁路格拉段边侧受损植被固沙建植技术研究与示范”

2006-目前:参加国家科技支撑项目“国家尺度生态系统本底综合监测评估核心技术集成”，主持子专题“三江源生态系统本底综合监测评估”

2007-目前:参加中国科学院西部行动计划项目“三江源区受损生态系统修复机制及可持续管理试验示范”，与汪诗平共同主持子专题“气候变化和人类活动对主要草地生态系统结构和功能过程的影响及其反馈机制 ”

2001-目前:主持和参加所级国际合作项目“高山草原生态的碳素动态和温暖化效应”（参加）及“温暖化影响的早期监测网络系统建设”（主持）

2009开始：参加中国科学院知识创新工程重要方向项目“中国草地生态系统固碳潜力及其增汇措施”子专题“高寒草地生态系统固碳潜力及其增汇措施”